Alejandro Muñoz, ha sido objeto de controversia al enfrentar dos denuncias penales en un breve lapso de tiempo.
La situación comenzó el viernes 23 de agosto, cuando Xavier Jurado, un exlegislador del movimiento correísta que ahora apoya al gobierno, presentó la primera denuncia. Jurado acusó a Muñoz de haber alterado el contenido de dos leyes aprobadas y luego intentar corregirlas sin la aprobación del Pleno, lo cual constituye, según él, los delitos de falsificación y uso de documento falso, así como usurpación de funciones públicas.
La controversia se intensificó cuando la ministra del Interior, Mónica Palencia, presentó una segunda denuncia penal contra Muñoz el mismo día, aunque esta denuncia se hizo pública el 26 de agosto. Palencia acusa a Muñoz de haber desobedecido una decisión judicial al anunciar que la Asamblea Nacional no acataría un fallo que ordenaba reabrir tres juicios políticos contra exministros del expresidente Guillermo Lasso.
Aunque la ministra no menciona directamente a Muñoz en su denuncia, incluyó pruebas que lo vinculan, como transcripciones de un video en el que Muñoz hizo el anuncio.
Henry Kronfle, presidente de la Asamblea Nacional, ha salido en defensa de Muñoz, argumentando que el secretario actuó bajo su delegación como vocero de la mayoría legislativa en el Pleno. Kronfle explicó que Muñoz no solo grabó el video en cuestión, sino que también ofreció una rueda de prensa en el Palacio Legislativo para comunicar la postura de la Asamblea, la cual según Kronfle, reflejaba la voluntad de las principales bancadas del legislativo.
A medida que se acerca el fin del receso legislativo el 2 de septiembre, la tensión aumenta, especialmente con la amenaza de un nuevo proceso penal que podría involucrar a la propia ministra del Interior si los juicios políticos no se reanudan.
Este caso ha generado un amplio debate sobre el respeto a las decisiones judiciales y la independencia de los poderes del Estado en Ecuador.